馬來西亞由馬來半島的西馬及位于北婆羅州的東馬所組成。在英國統(tǒng)治時期，西馬都被稱為馬來亞。

    馬來西亞是東南亞這個地區(qū)其中一個最早有人類居住的地方。大約50,000年前，東馬砂勞越州的古老尼亞(Nah Cave)洞里，已經(jīng)開始有人類居住了。

    在西馬，即馬來半島，內(nèi)陸山區(qū)的原住民比馬來人更早就在這里居住了。位于柬埔寨的Funan王朝，于公元初期曾經(jīng)延伸其影響力到馬來半島。到了第七世紀，蘇門答臘的室里弗遜（Sri Vijaya〕王朝則在南中國海的區(qū)域崛起成為最大的王朝。第十三世紀后半期，滿者伯夷（Majapahit〕王朝取代室里弗遜，馬來半島也跟著落入滿者伯夷王朝的掌控中。室里弗遜王朝的王子拜里米蘇拉，于大約1403年逃出滿者伯夷王朝的勢力范圍后，落腳在馬來半島的馬六甲，并在這里建立了歷史上聞名的馬六甲王朝。也是在這個時候，大約于十五世紀初，回教被引進馬六甲王朝。

    馬六甲王朝在全盛時期，是個聞名于世的港口及經(jīng)貿(mào)中心。由于其位置處于航海及經(jīng)貿(mào)的中心，又有良好的深水港口， 東去資源豐饒的東方文明古國，西接印度、阿拉伯世界及歐洲西方列強，使到馬六甲不僅成為繁榮一時的商業(yè)中心，它也同時成為東西方多種文化互相碰面及交流的地方。中國明朝的鄭和就曾在七度下南洋的時候，到過馬六甲。為了促進兩國之邦交，明朝的公主漢麗寶更是被遠嫁到馬六甲來。

    西方列強于十六世紀相繼而來，葡萄牙人于1511年消滅了馬六甲王朝，開始了馬來半島的殖民史。葡萄牙統(tǒng)治馬六甲到1641年，被荷蘭人所擊敗，馬六甲又由荷蘭人所統(tǒng)治。英國人于十八世紀開始展延它對馬來半島的控制。1786年，萊特首登檳城，1819年萊佛斯占領(lǐng)新加坡，1819年英國人和荷蘭人的交換殖民地，使到英國人也獲得了馬六甲，并于較后成立了馬六甲海峽殖民地。

    英國人和馬來蘇丹于1895年簽署的邦咯島協(xié)約，使英國人的勢力進一步從馬六甲海峽殖民地延伸到內(nèi)陸的馬來州屬。通過律政司（ResidentSystem〕的制度，英國人逐漸全面的控制了整個馬來半島及新加坡。

    在英國人殖民的時期，英國人為了大量開發(fā)錫礦及樹膠園，從中國及印度大量的引進勞工，使馬來西亞的多元種族的社會特征開始形成。1942年第二次世界大戰(zhàn)，日本軍入侵馬來亞，把英殖民政府擊潰并統(tǒng)治了馬來亞三年零八個月。日本投降后，英軍回歸馬來亞繼續(xù)其殖民。1948年，英殖民政府宣布全國進入緊急狀況以對付馬來亞共產(chǎn)黨。1940年代末期及1950年代所掀起的爭取獨立運動，終于使到英殖民政府讓馬來亞于1955年進行了第一次的全國選舉，由代表馬來人的巫統(tǒng)、代表華人的馬華公會及代表印度人的印度國大黨所組成的聯(lián)盟（現(xiàn)在稱為國陣〕，橫掃了52議席中的51席 。

    1957年8月31日，聯(lián)盟主席東姑阿都拉曼宣布馬來亞獨立。馬來文成為國語，回教成為國教。東姑阿都拉曼出任第一屆的首相，并被稱為國父。在北婆羅洲方面，沙巴從1882年就被英北婆羅公司統(tǒng)治，直到日本軍隊在第二次世界大戰(zhàn)攻入占領(lǐng)為止。砂勞越則是英人查爾斯布洛克和汶萊蘇丹協(xié)議下所建立起來的白人拉惹布洛克的天下。從1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大戰(zhàn)過后，沙巴及砂勞越正式成為英國殖民地。

    1963年，馬來亞聯(lián)同新加坡、沙巴及砂勞越組成了馬來西亞聯(lián)邦。但1965年，由于東姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出馬來西亞。1969年的全國大選成績，顯示人民對聯(lián)盟的支持急劇下降，反對黨所獲得的席位劇增。雖然聯(lián)盟仍然控制聯(lián)邦政府，但失去了吉蘭丹州政權(quán)，并在多個州議會里面對強大的反對黨勢力。1969年5月13日，反對黨的勝利游行在不同種族的相互嘲諷及挑釁的過程中，演變成種族沖突及流血事件，造成百多人喪失生命，無數(shù)財產(chǎn)被摧毀。此歷史事件被稱為513事件。 1970年，馬來西亞宣布實施為期廿年的新經(jīng)濟政策，其目的是要消除貧窮，重組社會，以拉近貧富的鴻溝。但這項政策所實行的固打制，也使非馬來人社會非常不滿。

    1972年，第二任首相敦拉薩改變了外交政策，開始和共產(chǎn)國家接觸，并致力使東南亞成為和平、自由及中立的區(qū)域。1974年，敦拉薩訪問中國，兩國的邦交自此一直密切發(fā)展至今。

    1970年代，馬來西亞開始其工業(yè)化計劃。新經(jīng)濟政策廿年的成果，已經(jīng)使馬來人的經(jīng)濟地位大大提升。1991年，第四任首相馬哈迪醫(yī)生宣布推行為期三十年的2020宏愿計劃，致力使馬來西亞在2020年成為先進國家。

    直到目前為止，馬來西亞仍然以每年超過8％的成長率發(fā)展，成為其中一個世界上成長得最快的國家。

    目前馬來西亞共有十三個州 兩個聯(lián)邦直轄區(qū)。其首都為吉隆坡，是其中一個聯(lián)邦直轄區(qū)。